F-35C wydaje się być najbardziej problematyczną wersją tego samolotu. Najnowszy problem jest z końcówkami skrzydeł – są one zbyt delikatne co powoduje że gdy F-36 leci z pociskami AIM-9X, skrzydła wpadają w oscylacje. Na szczęście wyprodukowano dotychczas tylko 32 egzemplarze F-35C, więc wymiana tych skrzydeł na nowe nie będzie jakoś szczególnie kosztowna. A przy okazji tego problemu wyszło że F-35 początkowo będzie wyposażony w AIM-120C i AIM-9X – dość antyczne wersje. Prace nad adaptacją samolotu do użycia AIM-120D i AIM-9X block II trwają, ale nastąpi to najwcześniej w 2022 roku. Podobny problem jest z bombami – F-35 nie może przenosić najnowszych GBU-49 Lot 5 Enhanced Paveway II czy GBU-53B Small Diameter Bomb Increment II – bomb które umieją trafiać w ruchome cele (np. samochód). Te też pojawią się najwcześniej w 2022 roku. Czyli mówiąc inaczej F-35 będzie miał raczej ograniczoną wartość bojową przez następne 5 lat…